Музейная экспозиция расположена на первом этаже учебного корпуса семинарии и состоит из четырех залов.

Первый зал посвящен истории Минской духовной семинарии и отражает важнейшие этапы становления старейшего богословского учебного заведения в Беларуси. Среди экспонатов первого зала уникальные фотографии и документы. Особый интерес для посетителей музея могут представлять витрины с книгами семинарского библиотечного фонда с автографами митрополита Литовского и Виленского Иосифа (Семашко) (†1868), архимандрита Киприана (Керна) (†1960), протопресвитера Александра Шмемана (†1983), известного русского зарубежного церковного и общественного деятеля протоиерея Кирилла Фотиева (†1990), церковного историка А. Э. Левитина-Краснова, биографа святителя Луки (Войно-Ясенецкого) Марка Поповского и др.

Второй зал, посвященный истории церковного искусства на территории Беларуси, включает коллекцию нательных крестов и украшений эпохи Киевской Руси (XI-XII вв.) общей численностью шестнадцать экспонатов, нательных крест XVI в. с изображением апокрифического «архангела Сихаила», киотные кресты и иконы-складни XVIII-XIX вв. Среди наиболее примечательных икон, экспонируемых во втором зале, необходимо отметить образ Божией Матери «Владимирской» (XV-XVI вв.), образ Божией Матери «Казанской» (XVIII-XIX вв.), иконостасные иконы Сретения, Крещения Господня, Введения во храм Божией Матери, Благовещение (XVIII в.), иконы Страшного Суда, преподобномученицы Анстасии Римляныни и Софии, Премудрости Божией (XIX в.) и др. Также в втором зале представлены многочисленные образцы богослужебной утвари XVIII-XIX ст., среди которых напрестольные кресты, лампады, кадило, рипиды, подсвечники, венцы и т.д. Особое место в экспозиции занимает деревянная статуя страдающего Христа (XVIII в.). Помимо предметов богослужебного назначения, во втором зале представлена серебряная чаша 1824 г. с дарственной надписью великой герцогини фон Мекленбург-Шверина Александрины (1803-1892), урожденной принцессы Прусской, дочери прусского короля Фридриха Вильгельма III и его супруги принцессы Луизы Мекленбург-Стрелицкой.

Третий зал церковно-археологического музея посвящен редкой книге и включает уникальное собрание рукописных и старопечатных книг. Наиболее примечательными экспонатами третьего зала являются «Апостол» первопечатника диакона Ивана Федорова, рукописная «Книга о вере» (сер. XVII в.), напрестольное Евангелие (Типография братьев Мамоничей, 1600 г.), Апостол (1638 г.), «Церковная история» Никифора Каллиста на греческом языке (1630 г.), рукописный сборник старообрядческих апокрифов (XVIII в.), напрестольное Евангелие (Почаевская лавра, 1780 г.), печатные богослужебные книги XVII-XVIII вв., издания творений блж. Иеронима Стридонского, свт. Григория Назианзина, свт. Иоанна Златоуста, блж. Феофилакта Болгарского и др. (XVIII в.), западноевропейские издания греческих духовных авторов (Оригена, Никодима Святогорца, Константина Икономоса, патриарха Константинопольского Иеремии и др.) XIX в., западноевропейские издания текстов Священного Писания и литературы по библеистике (XVI-XIX ст.), книги архиепископа Новгородского Феофана (Прокоповича) «Христианское православное богословие» (1774 г.) и «Трактат об исхождении Святого Духа» (1772 г.), труды Фомы Кемпийского (1759 и1785 гг.), Сен-Мартена (1782 г.), Ф.А. Шатобриана (1809 г.), «История Вселенских Соборов» А. П. Лебедева с автографом святителя Луки (Войно-Ясенецкого) (†1961 г.) и др.

Помимо книг, в третьем зале представлена коллекция антиминсов, подписанных архиепископом Литовским и Виленским Макарием (Булгаковым) (1816-1882), епископом Минским и Туровским Симеоном (Линьковым) (1836-1899), митрополитом Литовским и Виленским Елевферием (Богоявленским) (1868-1940), архиепископом Полесским и Пинским Александром (Иноземцевым) (1887-1948), митрополитом Берлинским и Германским Серафимом (Ляде) (1883-1950), епископом Гродненским и Лидским Варсонофием (Гриневичем) (1875-1958), митрополитом Минским и Белорусским Питиримом (Свиридовым) (1888-1963) и др.

Стены второго и третьего зала украшает уникальная иконостасная резьба XVIII ст. и портреты иерархов Русской Православной Церкви. Особый интерес для посетителей музея может представлять картина с изображением поклонения архиереев Жировичской иконе Божией Матери (XVIII в.) и портрет митрополита Крутицкого и Коломенского Николая (Ярушевича) (1891-1961), выполненный заслуженным художником Российской Федерации А.А. Большаковым († 2014) в 1958 г.

Заведующий музеем — проректор по научно-богословской работе Минских духовных академии и семинарии доцент А.В. Слесарев.

Экспозиция четвертого зала включает материалы археологических раскопок Жировичского монастыря (раскопки проведены в 2007 г. Институтом истории Национальной академии наук Беларуси), иконы и элементы декора монастырских храмов XVІІІ столетия, жезлы и посохи настоятелей (XIX век), богослужебные предметы, уникальные документы, фотографии и портреты. Центральное место в экспозиции занимают список Жировичской иконы Божией Матери и факсимильная копия Жировичского Евангелия с автографом канцлера Великого княжества Литовского Льва Сапеги (оригинал хранится в Библиотеке Академии наук Литовской Республики).