В 1939 году, вскоре после прихода советов в Жировичи, большая часть монастырских помещений была занята воинскими частями. В подвале Явленской церкви разместился склад с боеприпасами. Хозяйство обители лишилось части лошадей и земельных наделов, и без того еще ранее уменьшенных польскими властями. Был совершен налет на монастырский сад, где переломали яблони. В 1941 году «неизвестные военные злоумышленники» устроили частичный погром, вероятно в поисках церковных ценностей, в кладбищенской церкви. Была забелена над монастырскими вратами икона святителя Николая.Ввиду бегства в Литву при наступлении Советской Армии Гродненского епископа Саввы (Советова), епархия лишилась архиерея. Руководство ею взял на себя сосланный в Жировичский монастырь в 1930 году польскими властями архиепископ Пантелеимон (Рожновский). Подражая митрополиту Иосифу (Семашко), он перенес управление епархией в обитель, разместив там консисторию и Епархиальный Совет. Вскоре Высокопреосвященнейший Пантелеимон вместе с возглавляемыми им приходами вошел в юрисдикцию Русской Православной Церкви.

В апреле 1940 года в Жировичах владыку навестил представитель Местоблюстителя Патриаршего престола архиепископ Сергий (Воскресенский). В этом же году в монастырь было организовано 4 крестных хода с участием большого количества верующих (14 октября—более 2000 человек из разных городов и мест Беларуси).

О заступничестве Небесной Покровительницы свидетельствует Ее явление часовым, охранявшим боеприпасы в подвале Явленской церкви, с приказом убрать их оттуда. Это же явление было и другой смене во главе с офицером, заменившей перепуганных солдат. В части объявили тревогу. Подняли всю братию и сестричество, пытаясь узнать, кто из женщин выходил ночью, но безрезультатно. Между тем, весть о чудесном явлении быстро облетела местечко, что не устраивало атеистически настроенные власти. Для прекращения толков главных свидетелей решили расстрелять, но склад из храма все же убрали, как поведал об этом жительнице Жирович А. Е. Плющевской хорошо знакомый с ней политрук…

Посредине Жирович был на улице мостик через ручей, соединявший два пруда, лежавшие по обеим сторонам дороги. На правой стороне мостика находился большой памятник с иконой Крещения Господня. 1 августа сюда ходили с крестным ходом и освящали воду. Однажды мимо проходил офицер, который, глумясь над иконой, выстрелил из револьвера в глаз Спасителя. Вскоре стрелявший засорил себе глаз. Медицинские процедуры не смогли ему помочь, и он ослеп.

В августе 1941 года двое насельников обители—архимандрит Серафим (Шахмуть) и иерей Григорий Кударенко—по благословению митрополита Пантелеимона покинули монастырь в целях миссионерского путешествия по оккупированной территории. Им предстояло организовать приходскую жизнь там, где она оказалась разрушенной в довоенный период. Первоначально они направились в сторону Минска, затем—в пределы Восточной Беларуси.

После освобождения страны, в 1944 году, миссионеры были арестованы органами НКВД по обвинению в сотрудничестве с гитлеровцами и направлены в лагеря, где о. Серафим принял мученическую кончину (ныне он почитается в лике новомучеников нашей земли). Иерей Григорий, отбыв срок, вернулся в монастырь, принял монашество с именем Игнатий и стал известен как подвижник благочестия.

В 1942 году настоятелем вместо архимандрита Венедикта (Бобковского), ставшего епископом Брестским, был назначен архимандрит Серафим (Кудрявцев), известный высотой духовной жизни и благодатными дарами. Он был выходцем из протоиереев, перед принятием монашества долгое время служил в селе Клещели Белостокского воеводства.

Перед отцом Серафимом стояла непростая задача: путем сохранения лояльности по отношению к новым властям обеспечить мирное существование обители. Но, поддерживая связь с немцами, он вызвал ненависть у партизан, которые искали удобного момента, чтобы расправиться с неугодным настоятелем. Один раз ночью они разбили ворота и ворвались в монастырь, но о. Серафим успел спрятаться.

Со временем испортились отношения и с немецким командованием. Одной польке, жившей в Жировичах, отец Серафим сказал, что «Польша еще будет и ее не разберут». Та оказалась тайной осведомительницей гестапо и донесла на настоятеля. Он был вызван и еле избежал ареста.

15 июля 1943 года архимандрит Серафим внезапно скончался, как было объявлено, от инфаркта. Но по свидетельству некоторых старожилов, он был отравлен партизанской связной, которая работала на монастырской кухне; после этого она сразу покинула обитель и уехала в лес на поджидавшей ее партизанской повозке (впоследствии она погибла в стычке с немцами). В памяти местных жителей отец Серафим запомнился как прозорливец и угодник Божий. Его похоронили за алтарем Явленской церкви, на месте, которое он выбрал еще при жизни, а гроб по его заказу был изготовлен незадолго до кончины.

С 1943 по 1947 гг. настоятелем обители являлся игумен Боголеп (Анцух), любивший во всем порядок и заботившийся о чинном и истовом богослужении. Став во главе монастыря, он наладил духовную и хозяйственную жизнь обители. При нем советские войска освободили Беларусь от оккупантов.

Во время своего отступления гитлеровцы производили грабежи и разрушения. Перед уходом из Жирович они решили взорвать здание бывшего сельхозтехникума—вероятно, чтобы в нем не могли разместиться советские части,—для чего заминировали подвалы. Произвести взрыв должен был офицер, покидавший Жировичи последним. Но когда немецкие части удалились, он пришел к настоятелю, сообщил о полученном задании и добавил, что не сделает этого, потому что ему жаль этого места. Впоследствии подвал разминировали советские саперы.

Перед вступлением в Жировичи советское командование опасалось, что в монастыре мог оказаться сильный опорный пункт противника, а на куполах находятся снайперы. И первым делом решили эти купола уничтожить артобстрелом. Старожилы вспоминали, как над их головами постоянно проносились снаряды. За монастырем кругом были воронки, но ни один выстрел цели не достиг—то недолет, то перелет. Когда в Жировичи вошел первый танк и остановился напротив собора, солдаты были поражены. Они выпустили 22 снаряда, но в купол не попали. Так Божия Матерь явным образом уберегла от разрушения Свой удел (как свидетельство тех событий, в организующемся монастырском музее хранится болванка от неразорвавшегося минометного снаряда, найденного в земле у стен здания МинДС).

После обстрела в обитель направлена была разведка с ротой автоматчиков, убедившаяся в отсутствии противника. Советские части вошли в монастырь, где в их присутствии отслужили молебен во славу русского воинства…

Еще не окончилась война, а для Жировичского монастыря уже наступал новый период истории. Хотя обитель и обложили немалым натуральным и денежным налогом, но ей оставили те земельные угодья, что были и при Польше. Советское государство вернуло обители Крестовоздвиженский храм, занятый католиками обманным путем еще в 1922 году.

Началась относительно спокойная, размеренная жизнь, явившаяся затишьем перед бурей Хрущевских гонений…